Фамилия Мадюков образована от прозвища или имени Мадюк. В её основе лежит глагол «мадеть», который в русских говорах имел два оттенка значения: «копаться над чем-то, корпеть» и «киснуть, томиться». Первое значение могло закрепиться за усердным, кропотливым человеком — тот, кто подолгу сидит за работой, не отрываясь. Второе значение даёт другую версию: именование Мадюк могли дать как оберег, желая младенцу счастливой и успешной судьбы, чтобы «томление» и «киснуть» не стали его участью. Суффикс -юк в прозвище характерен для южнорусских и украинских говоров, поэтому географически фамилия Мадюков, скорее всего, тяготеет к этим регионам. Фамилия закрепилась по стандартной модели: прозвище Мадюк плюс патронимический суффикс -ов, означающий «сын Мадюка».