Фамилия Маганаветдинов — один из тех редких случаев, когда в русском родовом имени слышен не просто восточный корень, а целое составное арабское слово. Чтобы понять её смысл, достаточно разбить основу на части: «Магана» и «Ветдин». Первая часть восходит к арабскому «маган» (мага́н) — «смысл», «значение», «суть». Вторая — «ветдин» — это искажённое «ва-д-дин» (с араб. «и веры»). Вместе имя, лёгшее в основу фамилии, звучало как «Маган-ад-Дин» или «Маганетдин» — «смысл веры», «суть религии». Такие имена с компонентом «дин» (вера) были распространены в мусульманской среде, особенно среди татар и башкир.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который добавили к восточному имени Маганаветдин (или Маганетдин). Суффикс указывает на принадлежность: «сын Маганаветдина». Встречаются варианты написания без «а» в середине — Маганетдинов, что ближе к исходному произношению, а также с ударением на третий или четвёртый слог. Форма с «а» (Маганаветдинов) могла возникнуть из-за особенностей местных говоров или при записи фамилии в документах — русские писцы часто вставляли гласные для удобства произношения.

Географически фамилия встречается почти исключительно в Поволжье и Приуралье — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это зона расселения волго-уральских татар и башкир, где такие составные арабо-персидские имена были нормой. По сословной принадлежности предки носителя фамилии, скорее всего, относились к государственным или ясачным крестьянам, реже — к купечеству или духовенству, поскольку имя «Маганетдин» могло даваться в семьях мулл или образованных людей, но не было исключительно «духовным».

В отличие от более частых фамилий на -динов (вроде Шарафутдинов, Нуретдинов), Маганаветдинов — редкая, почти штучная. Её носители — это потомки человека, которого в своё время назвали «смыслом веры», что звучало не просто как имя, а как своего рода жизненное наставление. Сегодня фамилия не даёт подсказок о роде занятий предка, но чётко указывает на его этническое и региональное происхождение: татарин или башкир из юго-восточной части Татарстана или соседних областей.