Фамилия Магранин — редкий случай, где в основе прозвища могут скреститься два языка: славянский и романский. Исходное слово — прозвище Магран. По одной версии, его связывают с украинским «магра», то есть худоба, худой человек. Прозвище тогда указывало на телосложение — долговязого или субтильного предка прозвали по самому заметному признаку. Но есть и другое объяснение: итальянское прилагательное «magro» — тонкий, стройный. В пользу итальянского корня говорит необычное сочетание звуков «гр» в русской фамилии, которое нехарактерно для исконно славянских прозвищ с корнем «магр» (ср. малорослый, могрый). Если верна вторая версия, прозвище могло появиться в среде, где контактировали русские и итальянцы: в торговых городах Причерноморья, среди мастеров-строителей или в среде обрусевших иностранцев.

Фамилия построена по типичной русской модели: к основе Магран добавили суффикс принадлежности -ин. В древнерусском языке суффикс -ин означал «чей?», «сын кого?»: Магранин — сын Маграна. Такая форма характерна для прозвищ, оканчивающихся на -а, -я, и реже встречается у фамилий от имен на твёрдый согласный (там преобладает -ов). Это делает фамилию Магранин грамматически более древней, чем, скажем, Магранов, хотя обе возможны.

О точном месте возникновения фамилии данных нет. Можно предположить, что она бытует в южнорусских и украинских областях, где слово «магра» было в ходу, или в среде потомков итальянских переселенцев, которые обрусели и получили фамилию по прозвищу. Фамилия редкая, нечастотная, что подтверждает её локальное происхождение.