Фамилия Магранин образована от прозвища Магран, которое, скорее всего, указывало на особенности телосложения человека. В основе прозвища лежит украинское слово «магра» — худоба, то есть Маграном могли прозвать очень худого, сухощавого человека.

Есть и другая версия, менее очевидная, но тоже имеющая право на существование: прозвище Магран могло возникнуть от итальянского прилагательного «magro» — «тонкий», «стройный». Эта версия объясняется тем, что фамилия встречается в южных регионах, где было заметно итальянское культурное и языковое влияние, особенно в Крыму и Причерноморье.

Сама модель образования фамилии — через суффикс -ин — типична для русских фамилий, которые произошли от прозвищ или имен, оканчивающихся на твердый согласный. Суффикс -ин означает принадлежность: «чей?» — Магранин, то есть сын или потомок Маграна. В отличие от более распространенного -ов, суффикс -ин встречается реже, что делает фамилию Магранин менее типичной для центральной России и чаще встречающейся в южных и западных областях.

Таким образом, потомок человека по прозвищу Магран со временем получил фамилию Магранин — прозрачную по своему происхождению, но с возможной южной или итальянской ноткой в корне.