Фамилия Магрупбеков — редкий пример того, как тюркский титул и арабское имя слились в одну русскую фамилию. Её основа — составное мужское имя Магрупбек, где первая часть восходит к арабскому «магруф» (известный, признанный, добрый), а вторая — тюркский титул «бек» (господин, князь, предводитель). Таким образом, имя Магрупбек означало примерно «известный господин» или «признанный предводитель».

Фамилия образована по классической русской модели с суффиксом -ов, который присоединяется к именам и прозвищам, оканчивающимся на согласный. Схема проста: имя Магрупбек → Магрупбеков — «сын (или потомок) Магрупбека». В русской традиции так оформляли фамилии для выходцев из тюркоязычной среды, часто осевших на Кавказе или в Средней Азии.

Географически фамилия Магрупбеков почти наверняка связана с Узбекистаном или Таджикистаном, реже — с югом Казахстана. Компонент «бек» в именах наиболее характерен для узбекской и таджикской ономастики, где он указывал на знатное происхождение или уважаемый статус рода. В дореволюционную эпоху такие фамилии могли получить представители местной аристократии, чиновники или зажиточные купцы, чьи предки носили имя Магрупбек.

Встречаются варианты написания — Магрупбеков, Магрупбеков, но основной корень неизменен. В русском языке фамилия склоняется как обычное притяжательное прилагательное: Магрупбекова, Магрупбекову и так далее. Из-за редкости фамилии в открытых базах данных переписей и телефонных справочников её носителей можно пересчитать по пальцам, что делает Магрупбековых уникальным и легко отслеживаемым родом.