Фамилия Магзюмов — редкий случай, когда основа не просто затемнена, а почти наверняка указывает на конкретную этническую и религиозную традицию. В русском ономастиконе фамилий на -ов с основой «Магзюм» практически нет, и это главная подсказка.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей сын?»), а корень «Магзюм» — это искажённая или диалектная форма арабского имени Магзум (Махзум). В арабском языке «махзум» (محزوم) означает «побеждённый», но в мусульманской антропонимике это имя нередко трактуют как «тот, кто покорился Богу», то есть «смиренный» или «покорный Аллаху». Имя встречается у татар, башкир и других тюркских народов, исповедующих ислам, особенно в Волго-Уральском регионе.

Спорных версий здесь немного. Можно было бы предположить тюркскую основу «магзым» (смысл), но арабское происхождение надёжнее: оно подтверждается регулярными записями в метрических книгах татарских и башкирских деревень XIX — начала XX века. Форма «Магзюм» вместо «Махзум» — результат местного произношения: в татарском языке звук «х» часто смягчается или переходит в «г» (как в фамилиях Магсумов, Магдеев).

Социальный контекст: носители фамилии Магзюмовы почти наверняка происходят из среды крещёных или, что вероятнее, мусульманских татар (мишарей или казанских татар). В дореволюционной России такие фамилии фиксировали у крестьян и мещан, реже — у купцов. Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану и Оренбургской области, но встречается рассеянно, без одного гнезда.

Особенность написания — буква «ю» после «з» — не ошибка, а отражение мягкого произношения (палатализации) в тюркском звучании. В русских документах XIX века такие фамилии могли записывать и как Магзюмов, и как Магзюмовъ, и изредка как Магзумов — с твёрдым «у». Вариант с «ю» точнее передаёт живую речь.

Коротко: фамилия образована от арабского имени со значением «смиренный перед Богом», адаптированного в татарской среде. Предки Магзюмовых — скорее всего, мусульмане-татары, жившие в Поволжье или на Южном Урале.