Фамилия Макарысева — женская форма фамилии Макарысев, и её ключ к пониманию лежит в необычном суффиксе. Большинство русских фамилий на -ов/-ев образовано от имени или прозвища, оканчивающегося на -а или -я: «Миша — Мишин», «Кузьма — Кузьмин». Здесь же основа «Макарыс» — это не имя, а производная форма.

В основе лежит каноническое имя Макарий (в народном бытовании — Макар). От него образовывали уменьшительно-ласкательные варианты: Макарка, Макарушка, Макарыч. Форма «Макарыс» — редкая, скорее всего, диалектная или прозвищная. Суффикс -ыс (как в «Гаврыс» от Гавриил или «Денис» от Денисий) мог означать человека, которого называли по отцу или по характерной черте, но без патронимического суффикса -ич. То есть «Макарыс» — это либо сын Макара, либо сам Макар, но в особой, возможно, насмешливой или усечённой форме.

Фамилия Макарысев (и Макарысева) — редкая. Географически она тяготеет к центральным и южнорусским областям, где имя Макар было особенно популярно среди крестьян и казачества. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные модели на -ыс/-ыс не описаны как массовые, но встречаются в единичных записях XVII–XVIII веков. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть не в боярской или дворянской среде, а в среде однодворцев или государственных крестьян, где фамилии закреплялись поздно и часто — по прозвищу, а не по отчеству.

Сравните с однокоренными: Макаров (стандартный вариант), Макаркин (от Макарка), Макарычев (от Макарыч). Макарысев стоит особняком — здесь не просто «сын Макара», а «сын того, кого звали Макарыс». Возможно, это прозвище дали человеку с заметным отчеством (например, «Макарыс» вместо «Макарыч» — как ироничное упрощение), или же это местная, почти забытая форма имени, сохранившаяся только в фамилии. Точных данных о первом носителе нет, но словообразовательный разбор указывает на XVI–XVII века, когда в русских говорах активно возникали подобные «усечённые» патронимы.