Фамилия Макарютина — женская форма фамилии Макарютин. Она образована от мужского личного имени Макар (через греч. Makarios — «блаженный», «счастливый»), которое в русской традиции давали в честь преподобного Макария Великого. Однако здесь не прямой суффикс -ов/-ев или -ин, а более редкая модель: основа Макар- + суффикс -ют- + -ин. Такой суффикс -ют- (как в фамилиях Костютин, Валютин) характерен для западнорусских и белорусских говоров. Он указывает на уменьшительно-ласкательную или обиходную форму имени — Макарюта, то есть «маленький Макар» или «Макар, сын Макара». Соответственно, Макарютин — «чей?» — потомок человека по прозвищу или имени Макарюта.

Встречается фамилия в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях, где были распространены «окающие» говоры и такие уменьшительные формы. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с именем Макарюта — это нередко было неофициальным именем, которое потом закрепилось в фамилии. По сословной принадлежности предки Макарютиных, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками: фамилия не встречается в дворянских родословных книгах, а её основа — простонародное имя.

Есть и альтернативная версия: суффикс -ют- мог восходить к прозвищу от глагола «макать» (например, макарюта — «тот, кто макает», в переносном смысле «неловкий»), но она менее убедительна: имя Макар было настолько распространено, что именно оно — основной источник. В любом случае, фамилия Макарютина — редкий пример сохранения диалектной словообразовательной модели, которая в центральной России почти исчезла под влиянием стандартных -ов и -ин.