Фамилия Макалютин — один из тех случаев, когда за привычным звучанием скрывается неочевидная основа. На первый взгляд, в ней слышится что-то «макальное» или «макаронное», но лингвисты смотрят иначе. Корень здесь — не глагол «макать», а имя Макарий, которое в просторечии давало множество производных: Макар, Макарий, а в уменьшительно-ласкательной форме — Макаля, Макалюта. Суффикс -ютин указывает на принадлежность: Макалютин — значит «сын Макалюты», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительным именем от Макара.

Церковное имя Макарий (от греческого «макариос» — блаженный, счастливый) было на Руси очень популярно среди крестьян и духовенства. В крестьянской среде имя часто сокращали до Макар, а от него образовывали ласковые формы: Макаша, Маканя, Макалюта. Последняя форма встречается в старых писцовых книгах — например, в документах XVII века упоминаются крестьяне с прозвищем Макалюта. Так что предок современных Макалютиных мог быть просто человеком, которого звали Макалюта — ласково или пренебрежительно, но без особого скрытого смысла.

География фамилии неширокая, но устойчивая. Макалютины встречаются преимущественно в центральных областях России — в Тверской, Ярославской, Костромской губерниях, а также на Урале, куда переселенцы уходили в XVII–XVIII веках. В некоторых переписях XIX века фамилия записывалась через «о» — Моколютин, что говорит о диалектном аканье и неустойчивости орфографии у малограмотных писарей. Это не отдельный род, а фонетический вариант той же фамилии.

В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые образуются от полных имен, суффикс -ютин встречается реже и указывает на более тесную, почти семейную связь с прозвищем. Макалютин — не «сын Макара», а «сын Макалюты», то есть потомок человека, чьё прозвище уже само по себе было уменьшительным. Это делает фамилию немного «младшей» по модели образования: она фиксирует не родоначальника с полным именем, а его домашнее, обиходное имя, которое впоследствии закрепилось за всем родом.