Фамилия Маханчеев — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает антропонимический. Её основа — не имя и не прозвище, а топоним Маханча, название реки в Забайкалье. Река Маханча (вариант — Маканча) протекает в Читинской области, и именно от неё, по всей видимости, пошла фамилия жителей прибрежных селений. Такая модель — «река → прозвище → фамилия» — типична для сибирских и дальневосточных родов: переселенцы легко получали прозвания по месту жительства.

Разбираем словообразовательную цепочку: Маханч(а) → Маханче(ев). Суффикс -еев здесь нестандартен. В русской фамильной системе обычный патронимический суффикс после основ на -ч — это -ев (ср. Ключев, Ткачев). Однако в фамилии Маханчеев мы видим двойной суффикс: -е-ев. Это может быть результатом адаптации местного прозвища «Маханчей» — так называли человека с реки Маханчи. Прозвище на -ей (Маханчей) затем оформилось в фамилию через суффикс -ев, дав форму Маханчеев. Другой путь: если прозвище звучало как «Маханч» (без окончания), то суффикс -еев возник из-за беглого гласного в основе — по аналогии с фамилиями вроде Первеев (от Первушка → Первеев).

Версия с тюркским корнем «махан» (мясо, обычно конина) менее убедительна. В тюркских языках слово «махан» дало бы фамилии Маханов, Маханбетов, но не Маханчеев — суффикс -чеев для них нетипичен. К тому же в Забайкалье, где фамилия фиксируется, тюркский след слабее бурятского и русского.

Таким образом, Маханчеев — фамилия географическая, указывающая на корни в Восточной Сибири, на реке Маханча. Первый носитель, скорее всего, был крестьянином или казаком, жившим на этой реке во времена освоения Забайкалья в XVII–XVIII веках. Фамилия остаётся редкой и сегодня — встречается преимущественно в Забайкальском крае и среди потомков переселенцев в других регионах.