Фамилия Махерин — довольно редкая и неоднозначная по происхождению. Скорее всего, она образована от прозвища или мирского имени Махера. Что могло лежать в его основе — вопрос открытый, и здесь есть как минимум две версии, и обе имеют право на существование.

Первая версия — профессиональная. В южнорусских и украинских говорах словом «махер» называли ловкого, пронырливого человека, умельца, который может «сделать дело» быстро и с выгодой для себя. В некоторых диалектах «махер» — это ещё и маклер, посредник при мелких сделках. В таком случае фамилия Махерин — это указание на род занятий или характерную черту предка: бойкого торговца, ушлого дельца или просто расторопного человека. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Махерин, то есть сын или потомок Махеры.

Вторая версия — топонимическая или этническая. «Махер» могло быть прозвищем выходца из местности Махер (такое название встречается в Польше и Словакии). Либо же это искажённое «мадьяр» — так в старину на Руси иногда называли венгров. В таком случае Махерин — потомок человека, которого за характерный говор или внешность прозвали «венгром». Эта версия менее распространена, но тоже возможна, особенно если учитывать, что фамилия встречается в регионах, граничивших с Речью Посполитой.

Фамилия Махерин — патронимическая, то есть образована от личного прозвища отца. Она не относится к числу дворянских или «громких» фамилий — её носители, скорее всего, были крестьянами, мещанами или однодворцами. Встречается она преимущественно в центральных областях России, а также на Украине, что подтверждает версию о южнорусских корнях прозвища.