Фамилия Махиненко — украинская по словообразовательной модели, и её основа, скорее всего, восходит к женскому крестильному имени Мария. В переводе с древнееврейского это имя значит «любимая, желанная» или «госпожа». Просторечная форма Маха, образованная от Марии, и легла в основу фамилии. Такое сокращение имени до первого слога — типичный народный приём, который дал жизнь множеству фамилий.

Суффикс -енко указывает на украинское происхождение и изначально означал «сын» или «потомок». То есть Махиненко буквально — «сын Махи». Примечательно, что от женского имени фамилию обычно давали по матери, что случалось реже, чем именования по отцу, но встречалось в украинской традиции, особенно если мать играла главную роль в семье или была вдовой.

Существует и вторая, менее правдоподобная версия: прозвище Мах могло произойти от глагола «махать». Так могли назвать человека с резкими, размашистыми жестами или того, кто привык полагаться «на авось», действовать наудачу. Однако эта гипотеза проигрывает первой по простоте: имя Мария было чрезвычайно распространено, а прозвище Мах в исторических документах встречается реже, чем женское имя в уменьшительной форме.

Интересно, что фамилия Махиненко стоит в одном ряду с такими украинскими фамилиями, как Махно, Махненко, Махиня. Все они образованы от одного корня — Мах-, но разными суффиксами. Фамилия Махно получила известность благодаря Нестору Махно, и это тоже форма от Марии или от прозвища, что показывает, насколько ёмким был этот короткий корень в народной речи.

Географически фамилия Махиненко чаще всего встречается в центральных и восточных регионах Украины, а также на юге России, куда украинцы массово переселялись в XVIII–XIX веках. В списках казацких реестров и переписей похожие формы попадаются с XVII века, но точных данных о конкретном родоначальнике Махиненко нет — фамилия возникла в крестьянской среде, где письменные источники сохранились хуже, чем у дворянских родов.

С точки зрения морфологии, фамилия не претерпела изменений: она закрепилась в мужском роде с окончанием -о, что типично для украинских фамилий на -енко. При склонении ударение остаётся на втором слоге: Махи́ненко, Махи́ненку. В русскоязычной среде фамилию не адаптировали, сохранив исконное написание, что помогает проследить её украинские корни даже спустя поколения.