Фамилия Махиненко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Мария. Фамилия Махиненко восходит к женскому имени Мария, которое в переводе с древнееврейского языка означает «любимая, желанная; госпожа». Основой же для фамилии послужила просторечная форма этого имени – Маха. Согласно другой, менее правдоподобной версии, фамилия Махиненко образована от прозвища Мах, восходящего к глаголу «махать». Однако Махом могли называть и того, кто полагается «на авось».