Фамилия Махлаев образована от прозвища Махлай, и в этом её главная загадка. Слово, которое легло в основу, В.И. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» определяет как «ушастая шапка». Такое прозвище мог получить либо мастер, который шил или продавал головные уборы, либо просто человек, носивший приметный ушастый треух. Эта версия относит прозвище к разряду «профессиональных» именований, указывающих на род занятий предка.

Есть и другая, более редкая гипотеза. Она связывает прозвище Махлай с глаголом «махлачить» — «знахарить, ворожить». В этом случае предок Махлаевых мог быть деревенским знахарем или ведуном, к которому ходили за помощью. Правдоподобность такой версии ниже, но полностью исключать её нельзя: в северных говорах следы этого глагола встречаются, и прозвища от подобных корней действительно давали людям с необычными занятиями.

Сам суффикс -ев указывает на типичную для русских фамилий модель притяжательного прилагательного: Махлаев — значит сын или потомок Махлая. Такая форма закрепилась в среде, где прозвище отца становилось семейным именем уже у следующего поколения. Безусловно, фамилия Махлаев — замечательный памятник славянской культуры, но процесс её формирования мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Махлаев можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований, а пока обе версии — и «шапочная», и «знахарская» — остаются рабочими.