Фамилия Макиенко — типичный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVI–XVII веках закрепилась в Поднепровье и позже распространилась по всей Украине. Суффикс -енко в этой системе означал «сын» или «потомок», поэтому Макиенко буквально понималось как «сын Макея». Такой способ образования фамилий был настолько продуктивным, что к XIX веку охватил все социальные слои украинского населения.

Основа фамилии — имя Макей, уменьшительная форма от крестильного имени Македоний. В святцах это имя носил преподобный Македоний, который провёл семьдесят лет в аскетических подвигах: сорок пять лет жил в пещерах, не имея постоянного крова, питался толчёным семенем и водой, а последние двадцать пять лет — в маленькой келье. За это он получил дар чудотворений. Имя Македоний дословно переводится с греческого как «прибывший из Македонии» — области на Балканах, откуда, по преданию, происходил род святого.

Есть и альтернативная версия происхождения фамилии. В акающих говорах основой могло стать имя Мокий (в переводе с греческого — «насмешник»). Однако этот вариант менее убедителен: во-первых, фамилии на -енко исторически связаны с украинской традицией, где аканье нехарактерно, а во-вторых, имя Мокий встречается реже, чем Македоний, и почти не дало производных форм в восточнославянской антропонимике.

Таким образом, Макиенко — это не прозвище по ремеслу или внешности, а фамилия, восходящая к церковному имени. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками из центральной или восточной Украины, где фамилии на -енко особенно распространены. В документах фамилия встречается с XVIII века, преимущественно в Полтавской и Черниговской губерниях.