Фамилия Макитра напрямую связана с украинским словом «макітра». В первую очередь так называли большую глиняную посуду полусферической формы с широким отверстием. В переносном, ироничном смысле макитрой называли голову человека. По одной из версий, прозвище Макитра относилось к «профессиональным» именованиям и указывало на ремесло: так могли прозвать гончара или бочара, который делал такие кадки и горшки.

Тем не менее, основой фамилии могла стать и внешность. Полного человека или обладателя крупной головы в быту тоже легко могли прозвать Макитрой. Есть и третья, менее очевидная версия: в некоторых украинских говорах макитрой называли впадину или овраг. В таком случае прозвище получал человек, чей дом стоял рядом с оврагом или низиной.

Фамилия образована без суффикса, напрямую от прозвища — по так называемой «украинской» модели, где прозвище переходило в фамилию без изменений. Встречается она преимущественно в южных и центральных регионах России, а также на востоке Украины, где слово «макитра» было в ходу. В современных справочниках фамилия редкая, известных исторических носителей с такой фамилией не зафиксировано.