Фамилия Маккин — редкий для русского уха пример, который почти наверняка не имеет славянских корней. Всё указывает на то, что это фамилия шотландского или ирландского происхождения, и её разбор стоит начать с приставки.

Основу фамилии составляет кельтское «Mac» — «сын». В Шотландии и Ирландии фамилии с этой приставкой образовывались от личного имени отца. В нашем случае «Маккин» (MacKeen, MacKean, MacKain) — это «сын Иоанна» или «сын Яна». Дело в том, что кельтское имя «Eoin» (произносится как «Оуэн») — это местная форма библейского имени Иоанн (John). Со временем, при переходе в английскую письменность, звучание могло записываться как «Kean», «Keen» или «Kain», отсюда и варианты фамилии.

Второй, менее распространённый вариант происхождения — от гэльского слова «cath» (битва) или «ceann» (голова, вождь). В таком случае «Mac Cathan» означало бы «сын воина», а «Mac Ceann» — «сын вождя». Однако первая версия, связывающая фамилию с именем Иоанн, встречается в ономастических справочниках чаще.

Географически фамилия Маккин (в разных написаниях) закреплена за шотландским регионом Галлоуэй и ирландским графством Антрим. В Россию она могла попасть двумя путями: либо через шотландских офицеров на русской службе в XVII–XVIII веках, либо через эмигрантов в XX веке. Встречаемость её в современных русских источниках крайне низкая — это фамилия-одиночка, без массового распространения.

С точки зрения русского языка, фамилия Маккин стоит в ряду несклоняемых или условно склоняемых заимствований. В отличие от русских фамилий на -ин (Пушкин, Ильин), которые образуются от основ на -а/-я, здесь приставка и корень не подчиняются славянской модели. Поэтому носитель такой фамилии в России — почти всегда потомок недавних переселенцев или человек, чей предок сохранил исходное написание при натурализации.