Фамилия Макукин — яркий пример того, как отчество, образованное от обиходной формы имени, со временем закрепилось в качестве родового прозвища. В её основе лежит имя Макука, которое в старину было уменьшительно-ласкательной формой от крестильного имени Макарий (в переводе с греческого — «блаженный», «счастливый»). В народе это имя переделывали на свой лад: Макар, Макарий, а для своих — Макуша, Макуня, Макука. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей сын?» — Макукин, то есть сын Макуки.

Впрочем, есть и другая, более прозаичная версия. В южнорусских и украинских говорах «макука» — это жмых, выжимки семян подсолнечника или конопли, которые использовали как корм для скота. Прозвище Макука могли дать человеку, который торговал макухой или занимался её производством. Такая версия объясняет фамилию не через имя, а через род занятий, что для русских фамилий не редкость. Однако имя Макарий было настолько распространено, что первая гипотеза выглядит убедительнее: куда чаще фамилии образовывали от личных имён, чем от названий продуктов.

Интересно, что фамилия Макукин бытует в двух основных орфографических вариантах: Макукин и Макухин. Разница в одну букву — не опечатка, а следствие диалектного произношения. В некоторых говорах «к» перед гласной смягчали и произносили как «х»: Макуха вместо Макука. Так один корень породил две родственные фамилии, которые сегодня могут считаться самостоятельными.

Фамилия не относится к числу аристократических. Как и большинство русских фамилий на -ин, она указывает на крестьянское или мещанское происхождение. В переписных книгах XVII–XVIII веков Макукины встречаются в основном в центральных и южных губерниях России, особенно в Тамбовской, Рязанской и Воронежской областях. География подтверждает связь с народным именем Макар, которое было особенно популярно именно в этих краях.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель с суффиксом -ин от основ на -а (Макука, Гаврила, Фома) описывается как одна из древнейших и самых продуктивных. Макукин стоит в одном ряду с фамилиями Макаров, Макашин, Макушин — все они восходят к одному имени, но каждая хранит свой оттенок произношения и бытового уклада предков.