Фамилия Макукина — женская форма, а мужская, Макукин, образована по простой и распространённой модели: к основе прибавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын или потомок Макуки). Значит, в основе лежит прозвище или нецерковное имя Макука.

Что такое «макука»? Тут сразу два возможных корня, и оба ведут в народную речь. Первый и самый вероятный — диалектное слово «макуха» или «макука», которым в южных и центральных губерниях России называли жмых, выжимки семян подсолнечника или конопли. Человек, получивший такое прозвище, мог быть либо торговцем макухой, либо просто невысоким, плотным, «сбитым» — по ассоциации с формой жмыха. Второй вариант — от глагола «макать»: Макукой в шутку могли назвать того, кто часто макал хлеб в квас или щи, или, шире, любителя поесть. Есть и менее очевидная версия — связь с украинским или белорусским «мак» (маковое семя), но тогда форма была бы скорее Маковкин.

В отличие от, скажем, фамилий на -ов/-ев, которые часто носили крестьяне центральных областей, суффикс -ин не даёт чёткой географической привязки: он встречается повсеместно, но чуть чаще на севере и северо-востоке Руси. Однако само слово «макуха» — южное, что наводит на мысль: предки носителей фамилии Макукины могли жить в чернозёмных губерниях, где сеяли подсолнечник, или в казачьих областях.

Встречается и вариант написания через «х» — Макухин. Это не ошибка, а параллельная форма: в говорах звуки «к» и «х» могли чередоваться (ср. Макар — Махор). Обе фамилии — однокоренные и могут указывать на одно и то же прозвище.

Фамилия недворянская, нечастотная. Её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды, а прозвище Макука было бытовым, «кухонным» — без претензий на красоту, но с крепкой связью с повседневным трудом и едой.