Фамилия Маковая — это женская форма, а её основа — мужское имя или прозвище Маковый. Чаще всего такое имя давали ребёнку, родившемуся в праздник Маковея (Медовый Спас, 14 августа), который в народе связывали с библейскими мучениками Маккавеями. Само слово «Маккавей» восходит к древнееврейскому «маккаби», что означает «молот». Таким образом, имя Маковый — это народная, упрощённая форма церковного имени, которая со временем закрепилась как фамилия.

По словообразовательной модели фамилия Маковая — это притяжательное прилагательное с суффиксом -ов- (в женском роде -ова). Она отвечает на вопрос «чья?»: жена или дочь человека по прозвищу Маковый. Такая форма характерна для русских фамилий, которые образовались от личных имён или прозвищ, оканчивающихся на -ый, -ой (ср. Толстый — Толстова, Кривой — Кривова).

Интересно, что в данном случае фамилия не связана напрямую с растением мак (хотя народная этимология могла позже сблизить эти слова). Исходное имя, скорее всего, имеет календарное, церковное происхождение. Встречаются однокоренные фамилии — Макавеев, Маковеев, Маковей, — которые тоже восходят к тому же празднику или имени. Фамилия Маковая редка и в основном бытует в южнорусских и украинских областях, где праздник Маковея отмечали особенно широко.