Фамилия Маковенко — характерный пример украинской модели фамилии на -енко, что в буквальном смысле означает «маленький» или «потомок». Такие фамилии массово закрепились на Левобережной Украине (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина) в XVII–XVIII веках и указывали на родство или подчинение: Маковенко — это «чей-то сын Мака» или «человек, связанный с Маком».

Однако основа Мак- здесь неочевидна. Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию не с цветком мака, а с церковным календарем. В народе праздник Происхождения Честных Древ Животворящего Креста (14 августа) называют Маковей или Спас-Маккавей. В этот день освящали мак и мед, а само название восходит к библейским братьям Маккавеям. Священники нередко давали «календарные» фамилии своим детям или воспитанникам, особенно если ребенок родился или был крещен около этого праздника. Так Маковей превращалось в Маковенко — «сын того, кто связан с Маккавеем».

Есть и более прозаичная гипотеза: фамилия могла возникнуть от мирского прозвища Мак или Маковей. В украинской среде прозвища давали по внешности (например, за смуглый цвет лица, похожий на маковое зерно), по занятию (сеял мак или торговал им) или по характеру («маківка» — верхушка, бойкий человек). В таком случае Маковенко — это «внук или сын Мака».

Стоит различать фамилию с суффиксом -енко и русские фамилии вроде Маков или Макаров. Последние образованы от церковного имени Макар (греч. «блаженный»), а Маковенко — от более народной, календарной или прозвищной основы. В документах XVIII века на Гетманщине встречаются казаки с фамилией Маковенко, что подтверждает её давнюю бытовую, а не только семинарскую природу.

Таким образом, предок носителя фамилии Маковенко мог быть либо сыном человека по прозвищу Мак (или Маковей), либо потомком того, кто родился или служил в праздник Маковея. Семинарское происхождение (от слова «маккавеи») не исключено, но как основная версия оно уступает бытовой: фамилии на -енко в массе своей возникали в крестьянской и казацкой среде, а не в духовных училищах.