Фамилия Маковей — один из тех редких случаев, когда русская фамилия восходит не к профессии или внешности, а к церковному празднику. Её основа — имя Маковей, которое в народе давали мальчикам, родившимся в начале августа, на праздник Спас-Маккавеи (Медовый Спас). Само слово «маккавеи» происходит из иврита, где «маккаби» означает «молот». В России же слово «маккавеи» было переосмыслено как «Маковей» и даже стало употребляться как мирское имя.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: фамилия образована от канонического имени Маковей с помощью нулевого суффикса, то есть осталась в форме самого имени. Такое оформление встречается реже, чем патронимы на -ов или -ин, и характерно для фамилий украинского, белорусского и южнорусского происхождения. Если бы фамилия закрепилась в северных русских говорах, она, скорее всего, приняла бы форму Маковеев.

Географически фамилия Маковей тяготеет к западнорусским и украинским землям, где праздник Спас-Маккавеи отмечали особенно широко. В церковном календаре этот день (14 августа по новому стилю) посвящён семи ветхозаветным мученикам Маккавеям, и в народной традиции имя ребёнка часто связывали с днём его появления на свет. Таким образом, предок носителя фамилии Маковей с высокой вероятностью родился именно в этот день или был назван в честь праздника.

Стоит отличать фамилию Маковей от фамилии Макавей — второй вариант точнее передаёт исходное библейское звучание, но встречается реже. В современной России фамилия Маковей нечастотна, но сохраняет прямую и ясную связь с календарём и народным благочестием.