Фамилия Макоией — редкий случай в русском ономастиконе. Сразу бросается в глаза нехарактерное окончание: в русских фамилиях почти не встречается сочетание «-ей» в такой позиции. Это подсказывает, что перед нами не исконно русская фамилия, а результат адаптации иноязычной основы, скорее всего, грузинской или греческой. В грузинском языке много фамилий на -ия (например, Макария, Макоия), и при передаче на русский язык иногда добавляли окончание, упрощающее склонение, или фиксировали форму, услышанную на слух. «Макоией» — это, вероятно, форма творительного падежа (кем? Макоией), которая закрепилась как фамилия в документах, то есть предка могли записать как «Макоия», а в быту или при переписи употребили «Макоией».

Основа «Мако-» может восходить к грузинскому мужскому имени Мако или к греческому Макарий (счастливый, блаженный). В грузинском языке имя Мако — краткая форма от Мамука или Мака, а суффикс «-ия» типичен для западногрузинских фамилий (регион Имерети, Гурия). Если это греческий след, то фамилия могла возникнуть у понтийских греков, переселившихся в Россию: там имя Макарий давало формы вроде Макоидис, которые при русификации превращались в Макоиев или Макоией.

С точки зрения словообразования, фамилия не содержит русских суффиксов -ов/-ев или -ин, что подтверждает её нерусское происхождение. Носители фамилии Макоией, скорее всего, имеют корни из Закавказья или черноморских греческих общин. В России эта фамилия встречается крайне редко, в основном в южных регионах, что косвенно указывает на исторические миграции греков и грузин в XIX–XX веках. Точных данных о сословной принадлежности предков нет, но в Грузии фамилии на -ия носили как князья, так и крестьяне, поэтому социальный статус мог быть любым — от священника до ремесленника.