Фамилия Макрюков — редкий случай, когда фамильный суффикс -ов стоит на базе, которая сама по себе неочевидна. Если отбросить окончание, остаётся корень «макрюк». Слово это в русских говорах не было основным, но имело вполне конкретное значение: «макрюк» или «макрыга» — так в некоторых областях (например, в вологодских и архангельских говорах) называли мокрицу, сырость, а также самого человека, который вечно промок или жил в сыром месте. Прозвище Макрюк могли дать тому, кто работал у воды, рыбачил, бродил по болотам или просто отличался нелюбовью к сухости.

Словообразовательная модель здесь стандартная для русских фамилий: прозвище на -юк (уменьшительно-уничижительный или профессиональный суффиксы в северных и сибирских говорах) плюс притяжательный суффикс -ов. То есть Макрюков буквально означает «сын или потомок Макрюка». Интересно, что суффикс -юк чаще встречается в украинских и белорусских фамилиях (Ковалюк, Гнатюк), но в русском севере он тоже бытовал, особенно в прозвищах, которые потом становились фамилиями. Это указывает на возможное происхождение рода из северных или центральных регионов России, где такие диалектные формы держались дольше.

Версия о связи с тюркскими корнями (от «мак» — зерно или «крюк» — искажённое) маловероятна: фамилия не имеет характерных тюркских аффиксов, а прозвищная модель с русским суффиксом -юк слишком типична для славянской среды. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования (Макрушин, Макрыгин) упоминаются как производные от диалектных слов, связанных с влажностью.

Географически Макрюковы встречаются редко, но небольшие гнёзда фиксируются в Вологодской и Кировской областях — как раз в зоне бытования говоров, где «макрюк» означало сырость. Это косвенно подтверждает, что предки носителя фамилии могли жить в лесной или болотистой местности, заниматься рыболовством или просто получить прозвище по контрасту с сухим климатом. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская: прозвища такого типа редко давали дворянам или духовенству.