Фамилия Макутнеусы — редкий случай, когда славянская основа скрывается за латинизированным окончанием. В русском языке такие фамилии обычно встречаются в среде духовенства: семинаристы при поступлении нередко получали искусственные фамилии, образованные от греческих или латинских корней, либо «переводили» свою старую фамилию на ученый лад. Скорее всего, перед нами именно такой вариант: корень «макутн-» звучит по-русски как «макутный» — от слова «макута» (глиняный горшок, кринка) или «макушка» (верх, вершина). В южных и западных говорах «макута» означала и нечто округлое, пухлое, а иногда — прозвище человека с большой головой или круглой фигурой.

Окончание «-еусы» — явная латинизация. В семинарской среде XVIII–XIX веков было модно прибавлять к русской основе суффиксы -ус, -еус, -иус, чтобы фамилия звучала «по-учёному», как у древних римлян. Таким образом, Макутнеусы — это искусственная фамилия, созданная из прозвища Макутный (или Макута) путём добавления латинского окончания во множественном числе. Форма множественного числа (на -ы) указывает, что фамилия закрепилась за целым родом или семьёй, а не за одним человеком.

Версия о том, что фамилия могла произойти от литовского или польского корня, маловероятна: в балтийских языках нет основы «макут-» с похожим значением, а в польском «makuta» — это тоже горшок, но фамилия скорее приняла бы форму Макута или Макутович. Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям, где было распространено слово «макута» и где семинарские фамилии на -ус встречались чаще всего.

Социальный контекст прост: предки носителей фамилии Макутнеусы, вероятно, были либо выходцами из крестьянской среды (где прозвище Макута давали по ремеслу — гончару или по внешности), либо получили фамилию в духовном училище. Второе правдоподобнее, так как искусственные фамилии на -ус почти не встречались у крестьян или мещан. Если же фамилия исконно русская, то её форма — результат поздней канцелярской записи, когда писарь добавил окончание для благозвучия.