Фамилия Малакуцко — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с украинской и белорусской традицией образования фамилий. Основа здесь — имя или прозвище Малакуц, а суффикс -ко указывает на принадлежность: «сын Малакуца» или «потомок Малакуца». Это типичная модель для восточнославянских фамилий, где -ко (как в примере с Иваненко) заменяет более северное -ов/-ев, но с тем же значением родства.

Корень «Малак-» почти наверняка восходит к имени Малахия или его просторечной форме Малакей. В православных святцах имя Малахия означает «вестник мой» (с древнееврейского), но в народе оно часто переосмыслялось. Уменьшительное Малакуц могло закрепиться за человеком невысокого роста (от слова «малый») или за тем, кто носил имя Малахия в бытовом, «домашнем» варианте. Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с диалектным «малак» — так в некоторых говорах называли ленивого или медлительного человека.

Географически фамилия тяготеет к западу бывшей Российской империи: встречается в записях Черниговской, Киевской и Подольской губерний. Это закономерно, ведь суффикс -ко особенно характерен для фамилий, возникших на территории современной Украины и юга Беларуси. В отличие от фамилий на -енко, которые буквально означали «сын такого-то», форма на -уцко (Малакуц + ко) сохранила следы польского или белорусского влияния — суффикс -уц в прозвищах нередок для западных регионов.

Сословно носители фамилии чаще всего были крестьянами или казаками. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «низовое» происхождение: прозвище закрепилось за человеком, а затем перешло к его детям без изменений. Встречаются варианты написания — Малакуцко и Малакуцкий, но вторая форма могла возникнуть позже, под влиянием польской фамильной модели на -ский, или быть самостоятельной фамилией от того же корня.

Таким образом, Малакуцко — это «сын Малакуца», а сам Малакуц, скорее всего, потомок человека по имени Малахия или, реже, носитель прозвища, связанного с ростом. Фамилия не имеет отношения к малороссийской знати, но крепко держится за западнорусские земли, где и сегодня её можно встретить среди потомков крестьян и казаков.