Фамилия Малакова — женская форма, а мужская, Малаков, образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: суффикс -ов присоединяли к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Малак. Что оно означало — вопрос, на который нет однозначного ответа, но есть несколько правдоподобных версий.

Самая прямая версия отсылает к слову «малак» — в южных и западных говорах так называли молодого, ещё неопытного человека, подростка. В некоторых диалектах слово имело оттенок «несмышлёныш» или даже «балбес». Прозвище могли дать младшему сыну или нерасторопному парню. Вторая версия связывает фамилию с тюркскими корнями: у тюркских народов «малак» (или «малакей») — распространённое личное имя, означающее «ангел» или «посланник». В Поволжье и Приуралье, где русские и тюркские фамилии часто пересекались, такое заимствование вполне вероятно. Третья, менее очевидная версия — от слова «малакай» (шапка-ушанка у казаков), но тогда в основе лежала бы форма Малакай, а не Малак.

Фамилия Малаков — нечастая, но встречается в нескольких регионах. Её фиксируют в документах по Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниям — то есть в зоне южновеликорусского наречия, где слово «малак» было в ходу. Встречаются Малаковы и среди уральских казаков, что косвенно поддерживает версию о тюркском влиянии. В написании путаницы почти не бывает: вариант с двумя «а» (Малааков) — опечатка, а Малаков и Молаков — разные фамилии (вторая от «молоко» или «молок»).

Таким образом, предок носителя фамилии Малаков с наибольшей вероятностью получил прозвище за молодость или неопытность, хотя не исключено, что имя пришло из тюркской среды и означало нечто совсем иное.