Фамилия Маланинцева — женская форма фамилии Маланинцев, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Маланинец. Словообразовательная модель здесь редкая и показательная: суффикс -ец указывает на принадлежность к определённой местности или группе людей. Если в основе лежит топоним (название села или деревни Маланино, которых в России несколько), то Маланинец — это «выходец из Маланина». Если же в основе лежит личное имя Маланья (каноническая форма Мелания), то прозвище Маланинец мог получить человек, находившийся в услужении у Маланьи или живший на её земле.

Сам корень восходит к греческому имени Мелания (μέλαινα — «чёрная, тёмная»), которое на русской почве приобрело форму Маланья. В народе это имя ассоциировалось с крестьянским бытом и даже вошло в поговорку «Вали, Маланья, в три кулака!», что, впрочем, не имеет отношения к этимологии фамилии. Суффикс -ин в окончании фамилии (Маланинцев) — это типичный русский патронимический показатель, указывающий на родство: «чей?» — «Маланьин сын», «сын Маланинца». Таким образом, цепочка выглядит так: Маланья → Маланинец (прозвище по месту или хозяину) → Маланинцев (потомок Маланинца) → Маланинцева.

Фамилия довольно редкая. Географически она тяготеет к центральным и южным областям России, особенно к Тамбовской, Рязанской и Пензенской губерниям, где топонимы с корнем «Малан-» встречаются чаще. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, модель на -инцев встречается реже и часто свидетельствует о том, что предок был не просто сыном человека с прозвищем, а принадлежал к более узкой локальной группе — например, крестьяне из одного села, переселившиеся в другое место.

Есть и вторая, менее вероятная версия: основа могла произойти от глагола «маланить» (в диалектах — «медлить, мешкать»). Тогда Маланинец — человек неторопливый, но это слово почти не зафиксировано в письменных источниках, так что версия с именем или топонимом надёжнее.