Фамилия Малеева образована от мужского личного имени или прозвища Малей. В основе лежит корень, родственный прилагательному «малый». На Руси так могли назвать младшего ребёнка в семье, невысокого ростом или просто маленького — в быту бытовали имена Малой, Малец, Малей. Они относились к так называемым мирским именам, которые давали в дополнение к крестильному, чтобы отличать людей в повседневной жизни.

Фамилия построена по стандартной русской модели: к основе Малей добавили суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного). Форма Малеева — женская, мужской вариант — Малеев. Такая модель указывает на принадлежность: «Малеева» буквально означает «дочь (или жена) Малея». В документах фамилия закрепилась, когда потомков человека по имени Малей стали записывать как Малеевы.

Малей — имя редкое, но не единичное. В старых переписных книгах встречаются записи крестьян и посадских людей с этим именем, особенно в северных и центральных областях России. Поскольку имя было нецерковным, оно не попало в святцы, но в быту держалось веками, особенно в среде крестьянства и посадских, где мирские имена сохранялись дольше, чем в дворянской среде.

Встречается и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «малай» — «мальчик, слуга». Однако для русской фамилии Малеева первичным остаётся славянский корень «мал-», поскольку суффикс -ей типичен именно для русских уменьшительных форм (ср. Андрей, Матвей). Тюркское влияние могло сказаться только в южных регионах, где русские и тюркские говоры соприкасались, но для большинства носителей фамилии объяснение через «малый» — основное.

Таким образом, фамилия Малеева — одна из тех, что напрямую отсылает к внешности или возрасту родоначальника. Предок современных Малеевых был, скорее всего, невысоким человеком или младшим сыном, а его прозвище закрепилось в роду на несколько поколений.