Фамилия Малеина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве родового имени, а мужская (Малеин) встречается реже. Это сразу указывает на характер образования: перед нами притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, которое в русской традиции отвечало на вопрос «чей?». Малеина — «дочь или жена Малея». Но кто такой Малей?

Самая прямая версия ведёт к прозвищу Малей. В южных и западных говорах «малый» произносили как «малей» (сравните: «малевать» — красить, но это другая основа). Прозвище Малей могли дать человеку невысокого роста, младшему сыну или просто тому, кто чем-то напоминал «маленького». Такой тип прозвищ — Малей, Маля, Малюта — был распространён в допетровской Руси, особенно в крестьянской и посадской среде. Фамилии на -ин от них образовывали массово: Малеин, Малеина.

Есть и менее очевидный, но возможный путь — через каноническое имя Малахия (в просторечии Малах, Малашка) или имя Емельян (разговорное Маля, Малей). В быту церковные имена искажались до неузнаваемости, и Малей вполне могло стать уменьшительной формой от Емельяна. Если так, то Малеина — потомок Емельяна, но через цепочку народных переделок.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям. В документах XVIII–XIX веков Малеины встречаются среди однодворцев Тамбовской и Рязанской губерний, а также среди крестьян Курской губернии. Однодворцы — особое сословие, бывшие служилые люди по прибору, которые не стали помещиками, но и не попали в крепостную зависимость. Если ваши предки были однодворцами, фамилия могла сохраниться в очень локальном варианте, почти без изменений.

Интересная деталь: в отличие от большинства фамилий на -ин, которые легко переходят в мужской род (Иванов — Иванова), Малеина часто остаётся неизменной и для мужчин. Это может говорить о том, что фамилия оформилась в среде, где документы писались на женщин (например, по материнской линии), или просто о канцелярской случайности, которая закрепилась. В любом случае, корень здесь — не женское имя, а прозвище или имя предка, которое звучало как Малей.