Фамилия Маличкин — наглядный пример того, как простое прозвище, данное по внешности или привычке, закрепилось в родовом имени. Её основа — слово «малыш» или его уменьшительная форма «малыч» (маленький ребёнок, младший в семье). В говорах «малычом» могли называть не только ребёнка, но и низкорослого взрослого человека, а иногда — младшего сына, который оставался жить с родителями. Фонетическое изменение «ы» на «и» (Малич вместо Малыч) — типичное для русских фамилий явление, особенно в южновеликорусских говорах, где редукция гласных была сильнее.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Маличкин буквально означает «сын Малички» или «человек из семьи Малички». Фамилии на -ин в русском языке образуются от основ на -а, -я, поэтому форма Маличкин — закономерная производная от прозвища Маличка (ласкательная форма от Малич). Встречается также вариант Малышкин — однокоренная фамилия с той же основой, но без смягчения согласного.

Географически фамилия Маличкин тяготеет к центральным и южным регионам России. В старых переписных книгах XVII–XVIII веков она не фиксируется как распространённая, что говорит о её относительно позднем оформлении — скорее всего, в среде крестьян и однодворцев после введения подушной переписи, когда прозвища становились наследственными. Встречается она реже, чем Малышев или Малыхин, и это делает её более локальной.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -ич/ -ичк с чередованием гласной не выделяется в отдельную группу, но объясняется через общие законы адаптации прозвищ в фамильные формы. Если бы фамилия образовалась от имени Мал (сокращение от Малафей или Малахия), она звучала бы как Малов или Малин — форма Маличкин однозначно отсылает к прозвищу, а не к каноническому имени.