Фамилия Маликоян — яркий пример армянской модели фамилообразования. Её основа — имя или прозвище Малик, а суффикс -ян (в старой орфографии -янц) означает «из рода» или «принадлежащий». Иными словами, Маликоян — это «из рода Малика».

Корень Малик в армянской среде имеет два основных источника. Первый — арабское слово «малик» (царь, владыка, правитель). В тюркских и кавказских языках оно закрепилось как титул или почетное прозвище: Маликом могли назвать человека властного, богатого, либо того, кто служил при дворе местного правителя. Второй источник — библейское имя Малик (в Ветхом Завете так звали одного из потомков Вениамина), но в армянской традиции оно встречается реже, чем прозвищное употребление.

Интересно, что в самой Армении фамилия Маликоян встречается не повсеместно, а концентрируется в определённых областях. По данным переписей, наибольшая плотность носителей — в Сюникской области (юг Армении) и в Ереване. Это наводит на мысль, что фамилия могла закрепиться в конкретном роде, а не возникла независимо в разных местах. Поскольку суффикс -ян — самый массовый в армянской ономастике, он не несёт сословной информации: Маликояном мог быть и крестьянин, и ремесленник, и священник — всё решала реальная репутация человека, получившего прозвище Малик.

В русском написании фамилия не меняла форму: окончание -ян сохранилось без русификации (в отличие, скажем, от фамилий на -ов, которые иногда давали армянам при записи в российские документы). Это указывает на то, что основная масса Маликоянов оказалась в составе Российской империи поздно, в XIX — начале XX века, когда армянские фамилии уже не переделывали на русский лад.