Фамилия Мальнева образована от прозвища Мальня. Чаще всего его давали невысокому человеку — в основе лежит слово «маленький» с характерным суффиксом -н-. Такая модель прозвищ (например, Малой, Малёк, Мальга) была распространена в северных и центральных русских говорах.

Есть и вторая версия, не менее правдоподобная. Прозвище могли связать с глаголом «малевать» — расписывать красками, писать грубой кистью. В этом случае Мальня — профессиональное именование маляра или художника, причём с оттенком пренебрежения: нерадивого или неумелого. Такая трактовка опирается на живую диалектную лексику, где «мальня» иногда означала плохую, небрежную работу кистью.

Суффикс -ев- в фамилии указывает на принадлежность: потомок человека по прозвищу Мальня. Форма Мальнева — женский вариант, но в русской традиции фамилия склоняется по падежам и в мужском роде звучит как Мальнев.

Фамилия редкая, встречается преимущественно в центральных областях России. Её словообразовательная модель — от прозвища на -ня с притяжательным суффиксом — характерна для восточнославянских фамилий, но в данном случае основа допускает двоякое толкование: антропонимическое (от «малый») и профессиональное (от «малевать»). Обе версии имеют право на существование, и без дополнительных генеалогических данных выбрать одну сложно.