Фамилия Мальнова — женская форма фамилии Мальнов, а её основа — мирское имя или прозвище Мальный. В старину на Руси было принято давать внутрисемейные имена, которые не были связаны с крестильными. Мальный, скорее всего, происходит от прилагательного «мальный» — в ряде говоров так говорили о «малом», младшем по возрасту или невысоком ростом человеке.

Скорее всего, имя Мальный родители давали младшему ребёнку в семье. Такая традиция была практичной: пока не появился следующий малыш, «мальным» называли самого маленького. Не исключён и обрядовый подтекст: имя могло даваться с пожеланием, чтобы ребёнок оставался любимым «малышом» для родителей, или как оберег — чтобы злые силы не позарились на того, кто и так «мал» и неприметен. В этом смысле Мальный стоит в одном ряду с такими древнерусскими именами, как Мал, Малец, Малыш.

Есть и другая, более бытовая версия: прозвище Мальный могли дать взрослому человеку невысокого роста, «низкорослому». В русских говорах слово «малый» и его производные активно использовались для описания внешности — такой человек мог получить прозвище, которое потом закрепилось за его детьми как фамилия.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Мальн- добавился патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Мальнов, то есть сын Мального). Со временем, когда фамилии стали передаваться по наследству, форма Мальнов закрепилась за родом, а женская форма Мальнова — за женщинами этого рода.

В отличие от многих фамилий с суффиксом -ов, здесь основа не церковное имя (вроде Иван → Иванов), а именно прозвищное или мирское имя. Это делает фамилию Мальнов родственной таким «ростовым» фамилиям, как Малков, Малютин или Малеев, но с более конкретной диалектной окраской: слово «мальный» встречается преимущественно в северных и центральных русских говорах.