Фамилия Малыханов — одна из тех, где на стыке языков и традиций рождается несколько равноправных версий происхождения. Разберём их по порядку.

Самая распространённая гипотеза — тюркская. Она видит в основе составное имя Малыхан, где первая часть восходит к слову «мал» (в тюркских языках — «имущество, скот, добро, состояние»), а вторая — к титулу «хан» («властитель, монарх», из древнего «хаган»). Имя Малыхан в этом случае — пожелание сыну богатства и высокого положения, чтобы он, как говорится, «имел добро и власть». Титул «хан» в мусульманских именах со временем стал просто престижным компонентом, добавляемым к основе.

Вторая версия — славянская, и она проще. Фамилию могли образовать от ласкательного домашнего прозвища Малыха или Малыхан. Так в семье называли маленького ребёнка, младшего сына или просто ласково — от слова «малый». В русских говорах «малы́ха» — это и есть маленький, невысокий человек. От этого же корня — мирское имя Мал, которое давали независимо от крестильного, или как сокращение от имён Малахий и Меланья.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Малыханов — «сын Малыхана». Фамилия не относится к числу очень частых, но встречается в разных регионах России, особенно в Поволжье и на Урале, где веками соседствовали славянские и тюркские народы. Какая из версий верна для вашего рода — зависит от семейного предания и истории края, откуда пошли предки.