Фамилия Малыханов образована от имени Малыхан, которое восходит к двум словам: «мал» и «хан». Слово «ман» в переводе с турецкого означает «имущество, состояние, собственность», «добро». Существует гипотеза, согласно которой первая часть фамилии Малыханов восходит к восточному мужскому личному имени Малла, что в переводе на русский язык означает «светлый». Вторая часть фамилии — хан— образована от тюркских слов «хаган, хакан, каган», что означает «властитель, монарх». Первоначально «хан» обозначал вождя племени (например, у кочевников Ирана и Афганистана). Позже слово «хан» стало добавляться к мусульманским мужским именам. Нарекая ребенка именем Малыхан, родители желали ему в будущем ханской власти и богатства. Они хотели, чтобы их сын рос умным, трудолюбивым мальчиком, который никогда ни в чем не нуждался бы. Согласно другой версии, фамилия Малыханов образована от ласкательного прозвища, которое родители дали ребенку. В семьях ребенка часто называли просто Малой, Малый, Малыха, Малыхан. Возможно также, что основой фамилии послужило мирское имя Мал, которое может являться как самостоятельным крестильным именем, так и производной формой от имен Малахий, Меланья.