Фамилия Малиханова — женская форма, а её мужской вариант Малиханов — сравнительно редкая русская фамилия, в основе которой почти наверняка лежит тюркское имя или прозвище. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать слово по частям: корень «Мали-» и суффикс «-хан», который в тюркских языках означает «владыка», «правитель». Самая прямая версия: Малихан — это сложное имя, где первая часть восходит к арабскому «малик» (царь, владелец). Получается «царь-хан» или «владыка-хан» — титул, который мог даваться ребёнку как пожелание власти и достоинства, либо как прозвище влиятельному человеку.

Есть и более бытовая версия. В некоторых тюркских диалектах «мали» может означать «скот», «имущество», и тогда Малихан — это «хан скота», то есть богатый скотовод. Но лингвистически убедительнее первая гипотеза: имя Малик (Малик) широко распространено у народов Северного Кавказа, татар и башкир, а добавление «-хан» — типичный для XVI–XIX веков способ образовать двусоставное имя (ср. Алихан, Султанхан, Бекхан). Суффикс «-ов» в фамилии — чисто русский патронимический показатель, который добавили при русификации, когда тюркские имена переделывали в фамилии по стандартной модели (Малихан → Малиханов).

Географически фамилия Малиханов чаще всего встречается в Дагестане, Чечне, Ингушетии, а также среди татар и башкир. В русских дореволюционных переписях она почти не фиксируется — это говорит о том, что она вошла в обиход относительно поздно, в основном в XX веке, когда нерусское население массово получало паспорта с фамилиями на «-ов». Интересно, что в отличие от фамилий вроде Маликов (от «малик» без добавки), Малиханов сохраняет в основе тюркский титульный компонент, что делает её более «княжеской» по звучанию, хотя социально предки носителя могли быть и простыми крестьянами или скотоводами.

Словообразовательный нюанс: фамилия могла возникнуть и от имени Малихан, и от более редкого прозвища «Малихан» (например, человека, который постоянно поминал некоего Малика или служил у него). Но в любом случае, корень «Мали-» указывает на восточное, исламское влияние, а «-хан» — на степную или горскую традицию именования. Если искать однокоренные фамилии, то ближайшие — Маликов, Маликханов, Малыханов (последний вариант мог возникнуть из-за аканья в произношении).