Фамилия Маулиханов в своей основе несёт арабское имя Маулихан, которое состоит из двух частей: «Маули» (от арабского «мауля» — господин, владыка, покровитель) и «хан» (тюркский титул, означающий правителя, князя). Получается, что имя-основа буквально переводится как «господин-хан» или «владыка-правитель». Это составное имя — типичный пример мусульманской ономастики, где соединяются арабский религиозный компонент и тюркский титул, подчёркивающий знатность или уважение.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который добавляется к тюркскому имени. Суффикс -ов (женский вариант -а) в данном случае указывает на принадлежность: «Маулиханов» буквально значит «сын Маулихана» или «из рода Маулихана». Это одна из самых распространённых моделей русификации фамилий у народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии, принявших русскую паспортную систему в XIX — начале XX века.

Географически фамилия Маулиханов тяготеет к регионам с традиционно мусульманским населением: Татарстан, Башкортостан, а также среди казахов и башкир. Встречается и вариант написания с одной «н» — Маулиханов, но он менее точен с точки зрения словообразования, так как основа имени заканчивается на «н», и при добавлении суффикса -ов удвоение происходит закономерно.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий, образованных от простых имён (Ахметов, Ибрагимов), здесь в основе — имя-титул. Это может говорить о том, что предок носителя фамилии либо был уважаемым человеком, которого называли «Маулихан» как прозвище за властность или мудрость, либо это было официальное имя, данное при рождении в честь какого-либо духовного авторитета. Прямой связи с каким-то конкретным историческим ханом или правителем, скорее всего, нет — в народной среде такие имена давали, желая ребёнку покровительства и силы.