Фамилию Мандер чаще всего давали выходцу из местности с созвучным названием. В основе лежит немецкий топоним Мандерн (Mandern) — так именуют несколько поселений в Рейнланде и Гессене. Само название Мандерн, по одной из версий, восходит к реке Мандра (Mandra). Человека, переселившегося из такого места, соседи и окрестные писцы начинали называть просто Мандер — «тот, кто из Мандерна».

Есть и другая, менее очевидная географическая привязка. Возможно, прозвище Мандер уходит корнями к голландскому местечку Ман-хери (Man-heri). Если перевести это название на русский язык, получится «болотистые леса». Так что прозвище могло закрепиться и за уроженцем той болотистой местности.

С точки зрения словообразования фамилия необычна для русского уха: в ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это так называемая «чистая» фамилия, которая совпадает с исходным прозвищем и не меняла форму при переходе в фамильное имя. Такие модели встречаются у фамилий немецкого или прибалтийского происхождения, реже — у русских, образованных от прозвищ без оформления суффиксом.

Среди известных носителей — Карел ван Мандер, поэт, писатель и художник из Западной Фландрии, живший во второй половине XVI — начале XVII века. Его пример показывает, что фамилия встречалась не только в немецких землях, но и в Нидерландах, где имела аристократическую приставку «ван», указывающую на происхождение из конкретного места.