Фамилия Манешина — женская форма, а мужская, Манешин, образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы на шипящий или ц прибавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Манешин). Это значит, что в основе лежит прозвище или мирское имя Манеша.

Корень здесь — «ман-», который в русских говорах имеет несколько значений, и разобраться в них помогает география. В вятских и пермских говорах «маня» — это ласковое обращение к ребёнку или просто «милый, хороший». Отсюда же образованы фамилии Манин, Манякин. Но есть и другая линия: в южновеликорусских и украинских говорах «манити» означает «манить, обманывать, завлекать». Соответственно, Манешей могли прозвать льстивого человека или того, кто умел уговорить, «заманить» в дело. Третья версия, менее вероятная, — от канонического имени Мануил (Еммануил) через уменьшительную форму Маня, Манеша, хотя для полных форм в русской ономастике типичнее суффикс -ов.

Фамилия Манешин — не частая, но и не единичная. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, а также на Урале. Интересно, что в переписных книгах XVII века можно найти крестьян и посадских людей с таким прозвищем, например, в Вятской земле. Это подтверждает первую версию — прозвище было скорее ласковым или домашним, чем обидным.

С точки зрения словообразования, фамилия Манешин стоит в одном ряду с такими же редкими формами на -еша: Кулешин (от кулеш — каша), Сапешин (от сапог), Гулешин. Суффикс -еш- в русских прозвищах часто придавал оттенок фамильярности или принадлежности к чему-то «своему», домашнему. Поэтому предок Манешиных, скорее всего, был человеком, которого в семье или в деревне ласково называли Манешей — и это имя закрепилось за его потомками.