Фамилия Мангарина — редкий случай, когда на слух кажется, что основа ясна (мандарин, фрукт), но на деле корень другой. В русской ономастике фамилии, звучащие как «Мангарин», скорее всего, имеют тюркские или кавказские истоки. Основа «мангар» или «манга» в тюркских языках может означать «слепой» или переносно — «упрямый», «не видящий очевидного». Слово «мангар» известно и в диалектах: так могли называть человека с плохим зрением или, в переносном смысле, бестолкового.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мангарин — «сын Мангара» или «человек из рода Мангары». Форма женского рода Мангарина закрепилась в документах как фамилия женщины, но исторически это же слово могло быть прозвищем жены или дочери Мангара. Географически фамилия встречается в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах, где активно смешивались русские, татары, башкиры и казахи. Встречается и в Забайкалье, где «мангарами» могли называть бурятских шаманов или знахарей (от бурятского «мангар» — «кривой», «косой»).

Версия с мандарином (фруктом) маловероятна для старинной русской фамилии: слово «мандарин» вошло в русский язык только в XVIII веке, а фамилии на -ин активно формировались до XVII столетия. Если бы предок торговал цитрусовыми, фамилия звучала бы как Мандаринов или Мандаринкин. Поэтому Мангарина — это не про фрукты, а про человека с прозвищем Мангар, возможно, незрячего или своенравного.

Встречается также вариант написания через «о» — Монгарина, что характерно для южнорусских говоров, где «а» в безударном положении переходило в «о». Такие разночтения не редкость в метрических книгах XIX века.