Фамилия Мангатаев — редкий случай, когда основа почти наверняка ведёт не в русский, а в тюркский или монгольский мир. В русском языке нет корня «мангат-» с очевидным значением, зато в бурятском, калмыцком и монгольском языках слово «мангад» (или «мангас») означает мифическое чудовище, змея-дракона, врага богатырей из эпоса «Гэсэр». Это не просто «зверь», а персонаж с устойчивым фольклорным именем.

Вероятнее всего, Мангатаев — это русифицированная форма бурятской или калмыцкой фамилии, образованной от личного имени Мангат (Мангад). Такие имена в прошлом давали с обережной целью: назвать сына «чудовищем» — значит отпугнуть злых духов, сделать его неуязвимым для настоящей беды. Суффикс -аев (фонетический вариант -ов) здесь не русский, а характерный для фамилий народов Сибири и Центральной Азии: он присоединялся к именам на согласный, образуя отчество-фамилию по модели «сын такого-то». То есть Мангатаев буквально значит «сын Мангата».

Встречается фамилия прежде всего у бурят, калмыков и, реже, у тувинцев. В Забайкалье и Бурятии Мангатаевы — не единичный случай, хотя фамилия не входит в число самых распространённых. Известно, что в некоторых бурятских родах имя Мангат фиксировалось как дохристианское, а после принятия православия оно легло в основу фамилии без перевода.

Вторая, менее вероятная версия связывает основу с тюркским «мангат» — «неповоротливый», «медлительный». Тогда фамилия могла бы возникнуть как прозвище по характеру. Но против этого говорит география: в тюркских языках Поволжья и Кавказа такая фамилия почти не встречается, а в монгольской среде — да. Поэтому версия с эпическим чудовищем выглядит убедительнее.

С точки зрения словообразования фамилия проста: корень Мангат- + суффикс -аев. Ударение, скорее всего, на втором слоге: Манга́таев. В дореволюционных записях могла писаться через два «т» — Мангаттаев, но со временем сдвоенная согласная исчезла.