Фамилия Мангатаева — редкий случай, когда географическая привязка очевиднее морфологической. Основа фамилии — топоним Мангат: так называется село в Омской области, в Большереченском районе. Это сибирское село, стоящее на Иртыше, основанное в XVIII веке. Фамилия Мангатаев (женская форма — Мангатаева) образована по самой распространённой русской модели — от названия места жительства с помощью суффикса -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный. Носитель фамилии — «человек из Мангата».

Происхождение самого топонима Мангат спорно, но есть две рабочие версии. Первая — тюркская: «мангат» могло быть искажением слова «мангай» (лоб, возвышенность) или этнонима «мангаты» (одно из монгольских племён, упоминаемых в «Сокровенном сказании»). В сибирских говорах слово «мангат» иногда фиксировалось в значении «обжора» или «жадный человек», но это, скорее, вторичное осмысление непонятного названия. Вторая версия — калмыцкая или бурятская: «мангад» — множественное число от «мангас» (чудовище, змей в эпосе «Гэсэр»). Если корень действительно восходит к эпосу, то название села могло быть дано по какому-то местному урочищу или холму, который в народе прозвали «Мангатовым» (то есть «чудовищным», «опасным»).

В русской ономастике фамилии, образованные от названий сибирских деревень, часто несут в себе память о переселенцах. Мангатаевы — это, скорее всего, потомки крестьян-старожилов, возможно, ссыльных или ямщиков, которые осели в этом селе в XIX веке. Суффикс -ев, а не -ин, указывает на то, что основа фамилии воспринималась как мужская фамилия на согласный, а не как прозвище на -а или -я. Интересно, что в самом селе Мангат фамилия Мангатаев не является доминирующей — типичная ситуация, когда фамилия «уходит» из родного места вместе с потомками, а на месте остаются другие родовые прозвища.

В бурятской и калмыцкой среде встречается фамилия Мангатаев с тем же корнем, но с другим суффиксальным оформлением (иногда Мангатов). Там она может быть образована от личного имени Мангат (как охранительное имя, данное, чтобы уберечь ребёнка от злых духов — «чудовищный», «страшный»). Однако для русской фамилии Мангатаева версия с топонимом Мангат надёжнее: она объясняет и окончание -аев (а не -ов), и конкретное бытование в Западной Сибири.