Фамилия Манис — редкий случай, когда русская по форме фамилия почти наверняка не имеет славянских корней. В ней нет типичных русских суффиксов (-ов, -ев, -ин, -ский), которые превращают имя или прозвище в фамилию. Окончание -ис указывает на иной путь: скорее всего, это русифицированная версия литовской или латышской фамилии, записанная на слух.

В литовском и латышском языках слово «manis» означает «меня» (родительный падеж местоимения «я»). Однако вряд ли предка назвали по местоимению. Вероятнее, основа восходит к литовскому «manýti» — «думать, полагать», или к диалектному «manus» — «умный, сообразительный». Таким образом, прозвище Манис мог получить человек рассудительный, неглупый, возможно, советчик или грамотей в сельской общине.

Другая версия, хоть и менее вероятная, — тюркское происхождение. В некоторых тюркских языках «манис» означает «смысл, значение». Но географически фамилия Манис встречается в основном на северо-западе России (Псковская, Новгородская, Ленинградская области), что совпадает с зоной исторического расселения балтских народов. Поэтому балтская версия выглядит убедительнее.

Интересно, что фамилия Манис могла возникнуть и как усечённая форма от полных фамилий вроде Манисов или Манисевич — их давали детям или слугам человека по прозвищу Маня. Но без суффикса она сохранила исходный балтский облик, не «обрусев» до конца. В XIX веке носителей фамилии Манис фиксировали среди мещан и крестьян западных губерний Российской империи, что подтверждает её пограничное, смешанное происхождение.