Фамилия Малис, скорее всего, имеет польское (Malisz, Małys, Małysz), украинское или литовское (Malys) происхождение. Фамилия образована от аналогичного прозвища, которое, в свою очередь, восходит к корню «мал», который в этих языках имеет значение «маленький, небольшой». Вполне возможно, что такое прозвище мог получить младший ребенок в семье. Кроме того, прозвище могло отражать особенности внешности предка. В таком случае можно предположить, что родоначальник фамилии Малис был невысокого роста. Не исключено также, что оно указывало на черты характера основателя рода (наивность, простота).