Фамилия Малисов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка не связано с малиной, хотя первая мысль обычно об этой ягоде. Если бы фамилия значила «малиновый» или «относящийся к малине», мы бы ждали форму Малинов (как Вишнёв, Смородин). Суффикс -ов в Малисове указывает на притяжательность: «чей?» — Малисов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Малис.

Корень здесь — мал-, а не малин-. Это сразу отсекает «ягодную» версию. Скорее всего, в основе лежит древнерусское слово малый — «невысокий, младший по возрасту, незначительный». Прозвище Малис (или, в более старой форме, Малыш, Малец) давали младшему сыну в семье или человеку маленького роста. Фамилия образована по той же модели, что и Малышов, Мальцов, Малков, но с сохранением старой основы на твёрдый согласный. Суффикс -ис в русских прозвищах встречается нечасто, он мог возникнуть как вариант смягчения или под влиянием диалектного произношения.

Вторая, менее вероятная версия отталкивается от тюркского корня mal — «скот, имущество». В таком случае Малис могло быть прозвищем зажиточного хозяина, скотовода. Но для этого нужно допустить, что фамилия бытовала в регионах активного русско-тюркского контакта (Поволжье, юг России), и что она не изменила ударение на первый слог. Без географической привязки эта гипотеза слабее.

Географически фамилия Малисов встречается рассеянно, без выраженного гнезда. Единичные носители есть в центральных областях России и на Урале. Это подтверждает, что прозвище было индивидуальным, а не массовым родовым именем. В дореволюционных источниках фамилия не фиксируется как дворянская или купеческая — скорее всего, её носили крестьяне или мещане, получившие фамилию при переписях XIX века по прозвищу своего предка.

Таким образом, Малисов — это «сын Малиса», то есть человека, которого в округе называли «маленьким» или «младшим». Фамилия сохранила редкую словообразовательную форму, что делает её хорошим маркером именно русского, а не искусственного происхождения.