Фамилия Малисова — женская форма, а мужская — Малисов. В её основе лежит либо имя, либо прозвище, и здесь есть два равноправных варианта происхождения.

Первый и самый прямой путь — от слова «малис» (или «малыш») в значении «маленький, младший». В русских говорах «малисой» иногда называли младшего ребёнка в семье, того, кто «мал». Тогда фамилия образована по модели отчества: Малис — сын Малиса, то есть сын младшего. Суффикс -ов указывает на принадлежность, что типично для русских фамилий, сложившихся в XVI–XVII веках у крестьян и посадских людей.

Второй вариант — от канонического имени Малис, которое могло быть народной формой крестильного имени Амвросий или Малахия. В быту имена нередко сокращались и искажались: Амвросий давал форму Амброс, а Малахия — Малаш, Малец. Малис могло стать уменьшительным от таких имён. В этом случае фамилия означает «потомок Малиса», то есть человека, которого в церковных документах записывали полным именем, а в миру звали сокращённо.

Географически фамилия Малисов встречается в центральных и южнорусских областях, а также в Поволжье. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном бытовании. Сравните с однокоренными Малышев, Мальцев, Малахов — все они от той же идеи «малый» или от уменьшительных форм имён. Малисов стоит в этом ряду, но с более редкой основой.

Сословная принадлежность предков могла быть любой: крестьяне, мещане, ремесленники. Фамилия не несёт в себе указания на дворянство или духовенство — она из народной, бытовой среды. Если ваш предок носил фамилию Малисов, скорее всего, он был либо младшим сыном, либо носил уменьшительное имя, закрепившееся в роду.