Фамилия Мылисова — редкий случай, когда основу можно разобрать сразу двумя способами, и оба имеют право на жизнь, хотя один из них заметно правдоподобнее. Начнём с суффикса. Форма Мылисова — женская; мужской вариант — Мылисов. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на твёрдый согласный. Но вот сама основа «Мылис» нестандартна.

Первая версия, самая прямая: в основе лежит глагол «мылить» или существительное «мыло». Тогда Мылис — это человек, который мылит, например, в бане, или тот, кто занимается мыловарением. Однако суффикс -ис в русских прозвищах почти не встречается. Скорее всего, Мылис — это не самостоятельное прозвище, а сокращённая форма от имени Мылислав. Такие имена, хоть и редкие, бытовали в древнерусской традиции: Мылислав — «милый славой» или «мыслящий славу» (от «мыслить» и «слава»). Со временем полное имя сократили до Мылис, а от него уже образовали фамилию Мылисов. Подтверждение этой версии — существование фамилий Мыслин, Мыслов, Мысляев, которые тоже восходят к корню «мысл-» (мысль). Фамилия Мылисова, таким образом, может быть фонетическим вариантом — ослабление «с» перед «л» или просто упрощение в произношении.

Вторая версия, более экзотическая, связывает фамилию с диалектным словом «мылис» — так в некоторых говорах называли мелкую рыбу, вроде снетка или мойвы. Тогда прозвище Мылис мог получить рыбак или человек маленького роста. Но эта гипотеза слабее: во-первых, слово «мылис» не зафиксировано в авторитетных диалектных словарях как распространённое, во-вторых, фамилии от названий рыб обычно образуются через суффиксы -ин или -ев (Щукин, Ершов), а не -ов от основы на -ис.

Географически фамилия Мылисова встречается крайне редко, в основном на севере России — в Архангельской и Вологодской областях. Это косвенно подтверждает версию с именем Мылислав: северные земли дольше сохраняли архаичные славянские имена, не вошедшие в святцы. Так что, скорее всего, предки носительницы фамилии Мылисова — люди, чей родоначальник носил редкое древнерусское имя Мылис (Мылислав). Никаких известных исторических деятелей с такой фамилией нет, и это не делает её менее интересной — напротив, она хранит память о почти забытом имени.