Фамилия Малыс — редкий пример, когда прозвище перешло в наследственное имя почти без изменений, без суффикса. В русской фамильной модели это нетипично: большинство фамилий образуют с помощью -ов, -ин, -ский. Малыс стоит особняком — это так называемая «окаменевшая» форма прозвища, которая закрепилась в родительном или именительном падеже и не обрастала типовыми окончаниями.

Основа фамилии — древнерусское прозвище Малыс. Скорее всего, его давали невысокому человеку, младшему в семье или просто тому, кто был «малым» по возрасту или статусу. Корень «мал-» с суффиксом -ыс встречается в старых русских именах и прозвищах: Мал, Малец, Малыш. Форма на -ыс звучит архаично, она характерна для северных и северо-западных говоров. Встречается также вариант Малыш, но Малыс — более старая, диалектная версия.

По одной из версий, фамилия могла возникнуть в среде польской или белорусской шляхты, где была распространена модель «чистых» прозвищ без суффиксов. Однако для русского крестьянства и посадских людей такие фамилии — редкость. Чаще всего Малыс — это либо очень древнее прозвище, зафиксированное в документах ещё до массового закрепощения фамилий, либо результат позднего переосмысления: человека записали в ревизские сказки так, как его звали в быту.

Географически фамилия встречается в основном в западных регионах России, а также в Беларуси и на Украине. В центральных и восточных областях её почти нет. Это дополнительно указывает на западнорусское или литовско-русское происхождение носителей.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Малышев, Малеев, Мальцев, — Малыс стоит особняком: она не указывает на родство через отчество (чей? — Малышев), а прямо называет человека. В этом её историческая ценность: она сохранила живую речь предков, которые звали человека просто и коротко — Малыс.