Фамилия Манохина происходит от просторечной формы крестильного имени Мануил — Маноха. Имя Мануил пришло из древнееврейского и означает «с нами Бог». Такое сокращение имени — Маноха вместо Мануил — было в ходу в бытовой, нецерковной среде, где длинные имена часто укорачивали до привычного звучания. В результате от этого мирского имени и пошла фамилия.

По словообразовательной модели фамилия женского рода на -ина указывает на принадлежность. Обычно такие фамилии означают «дочь» или «жена» человека по имени Маноха. Но здесь стоит важная оговорка: фамилии от женских имен образовывались реже, и чаще всего это происходило в семьях, где не было отца или его имя не играло роли в фамильном прозвании. То есть Манохина — это потомок того, кого звали Манохой.

С точки зрения географии, фамилия Манохин (и её женская форма Манохина) встречается преимущественно в центральных и южных регионах России. Среди однокоренных фамилий — Маношин, Манохин, а также более редкие варианты с другим суффиксом. Все они восходят к одному корню, но различаются по тому, как именно в разных говорах переделали имя Мануил.

В социальном плане носители фамилии Манохина не принадлежали к какому-то одному сословию: крестьяне, мещане, реже купцы. Фамилия не аристократическая, а народная, что типично для фамилий, образованных от уменьшительных форм крестильных имен.