Фамилия Манохин образована от просторечной формы крестильного имени Мануил. В переводе с древнееврейского оно означает «с нами Бог». На Руси имя быстро обросло обиходными вариантами — Маноха, Манюта, Маня. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Манохин буквально значит «сын Манохи» или «человек из рода Манохи».

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий XVI–XVII веков. От основы Манох- с помощью притяжательного суффикса -ин образовывали фамилии в северных и центральных губерниях, где -ин был так же распространён, как -ов/-ев на юге. Манохин — типичный пример такой модели: исходное прозвище или мирское имя Маноха дало фамилию, закрепившуюся за потомками.

Обычно подобные фамилии возникали от мужских имён, но есть и редкий вариант: если в основе лежало женское имя Маноха (производное от Мария или Манефа), фамилию мог получить ребёнок, росший без отца. Такие случаи единичны, и для фамилии Манохин основная версия — мужское имя Мануил.

Сравните с однокоренными фамилиями: Манохин, Маношин, Маночкин, Мануйлов. Все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами: -ин, -ов, -кин. Манохин стоит в ряду фамилий, где просторечная форма имени застыла в документах именно в таком виде — без перехода в книжное Мануйлов.

Встречается фамилия преимущественно в центральных областях России, особенно в Тульской, Рязанской и Калужской губерниях — там, где имя Мануил было в ходу среди крестьян и посадских людей. В дворянских родословных Манохины почти не упоминаются: фамилия оставалась простонародной.