Основой фамилии Манохин послужило мирское имя Маноха. Фамилия Манохин образована от крестильного имени Мануил (в переводе с древнееврейского – «с нами Бог»). В основу фамилии легла просторечная форма этого имени – Маноха. Однако фамилии от женских имен образовывались гораздо реже: чаще всего, тому, у кого не было отца. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Маноха, со временем получил фамилию Манохин.