Фамилия Маняфов — редкий случай, когда основа не бросается в глаза даже носителю языка. На слух она кажется то ли искажённой, то ли заимствованной. На самом деле всё прозрачнее: перед нами типичная русская патронимическая модель на -ов, но с необычным корнем.

В основе фамилии лежит личное имя Маняф. Это неканоническая, разговорная форма крестильного имени Мануил (от древнееврейского Иммануэль — «с нами Бог»). В русской народной среде имя Мануил сокращали и переделывали по-своему: Маня, Манюта, Мануха, а форма Маняф — одна из самых редких. Она возникла по той же модели, что и Тимофей → Тимоха → Тимоф, или Матвей → Матюха → Матюф. Суффикс -ф- здесь, вероятно, результат оглушения и упрощения: Мануил → Мануй → Мануф → Маняф.

Фамилия Маняфов, таким образом, означает «сын Маняфа», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительно-ласкательным Маняф. Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям — именно там чаще встречались «народные» переделки церковных имён. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется в Саратовской, Тамбовской и Астраханской губерниях.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и независимо в разных семьях: имя Мануил было распространённым среди крестьян и мещан, а его просторечные варианты в каждой местности звучали по-своему. Поэтому Маняфовы из разных губерний — не обязательно родственники, просто носители одного прозвищного имени.

В отличие от фамилий на -ин (Манютин, Манухин), суффикс -ов указывает на более позднюю или более «официальную» фиксацию: когда в конце XIX века записывали фамилии, форму Маняф уже воспринимали как полное имя, а не как уменьшительное. Никакого тюркского, финно-угорского или иного экзотического следа в фамилии нет — это чисто русское образование от библейского имени, прошедшего через горнило народной речи.